Ендоскопічні методи дослідження використовуються як для діагностики, так і для лікування різних захворювань. Сучасна ендоскопія відіграє особливу роль в розпізнаванні ранніх стадій багатьох захворювань, особливо - онкологічних захворювань (рак) різних органів (шлунок, сечовий міхур, легені).

Найчастіше ендоскопію поєднують з прицільною (під контролем зору) біопсією, лікувальними заходами (введення ліків), зондуванням.